Autofocus method for automated microscopy using embedded GPUs

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Título: Autofocus method for automated microscopy using embedded GPUs
Autor/es: Castillo-Secilla, José María | Saval-Calvo, Marcelo | Medina-Valdés, Luis | Cuenca-Asensi, Sergio | Martínez-Álvarez, Antonio | Sánchez, Carlos | Cristóbal, Gabriel
Grupo/s de investigación o GITE: Informática Industrial y Redes de Computadores | UniCAD: Grupo de Investigación en CAD/CAM/CAE de la Universidad de Alicante
Centro, Departamento o Servicio: Universidad de Alicante. Departamento de Tecnología Informática y Computación | Universidad de Alicante. Instituto Universitario de Investigación Informática
Palabras clave: Image processing | Microscopy | Vision, color, and visual optics
Área/s de conocimiento: Arquitectura y Tecnología de Computadores
Fecha de publicación: 1-mar-2017
Editor: Optical Society of America
Cita bibliográfica: Biomedical Optics Express. 2017, 8(3): 1731-1740. doi:10.1364/BOE.8.001731
Resumen: In this paper we present a method for autofocusing images of sputum smears taken from a microscope which combines the finding of the optimal focus distance with an algorithm for extending the depth of field (EDoF). Our multifocus fusion method produces an unique image where all the relevant objects of the analyzed scene are well focused, independently to their distance to the sensor. This process is computationally expensive which makes unfeasible its automation using traditional embedded processors. For this purpose a low-cost optimized implementation is proposed using limited resources embedded GPU integrated on cutting-edge NVIDIA system on chip. The extensive tests performed on different sputum smear image sets show the real-time capabilities of our implementation maintaining the quality of the output image.
Patrocinador/es: This work has been partly supported by the Spanish grant CTM2014-51907.
ISSN: 2156-7085
DOI: 10.1364/BOE.8.001731
Idioma: eng
Tipo: info:eu-repo/semantics/article
Derechos: © 2017 Optical Society of America
Revisión científica: si
Versión del editor:
Aparece en las colecciones:INV - I2RC - Artículos de Revistas
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